교육부가 이번 학기부터 도입하기로 한 교육행정정보시스템의 개통을 앞두고 일선 학교현장이 갈등을 겪고 있다. 교육부가 교내 전산망인 학교종합정보관리시스템 체제를 교육행정정보시스템으로 전환키로 하고 작년 11월 인사 예산 회계 등 22개 영역에 대한 서비스를 개통한 데 이어 교무 학사 등 나머지 5개 영역에 대한 서비스 개통을 목전에 두고 있는 시점에서 불거진 이번 논란으로 일선 학교에서는 정보 입력을 놓고 혼란이 가중되고 있다고 한다.
 
논란을 빚고 있는 교육행정정보시스템은 전국의 모든 교육행정 기관과 초·중·고교를 인터넷으로 연결하는 시스템으로서 개별 학교의 행정처리는 물론이고 교육청 등에서 처리해야 하는 학사 인사 예산 등 각종 교육행정업무를 통합 관리하는 시스템이며 교육부가 지난 2001년 7월부터 계획을 수립, 추진해 왔다. 그러나 전교조 한국교총 등 교원단체들은 이 시스템이 개통되면 학부모와 학생의 신상자료가 유출될 우려가 있고 교사들의 업무량이 폭증할 것이라며 전면 폐지 또는 수정보완을 요구하고 있다. 이에 대해 교육부는 해킹에 대비해 방화벽 등 최신 보안장비를 갖추고 공인인증서 없이는 접속할 수 없도록 하는 비밀키 인증방식과 침입방지시스템을 도입해 정보유출의 염려가 없다는 주장이다.
 
시스템 도입의 가장 큰 반대 이유는 200여가지가 넘는 학생과 학부모, 교사의 축적된 신상정보를 본인의 동의 없이 통합 관리함으로써 개인정보 유출과 인권침해의 우려가 높다는 것이다. 그러나 개인의 은행계좌번호와 신용카드번호 등 경제분야와 관련한 중요 정보가 인터넷 상에서 오가는 전자시대에 교원단체가 개인정보 유출을 이유로 도입을 반대하는 것은 설득력이 떨어진다는 지적도 적지 않다. 알려진 바로는 교육당국에서도 개인정보 입력항목을 대폭 축소 조정했다고 한다. 개통을 앞두고 찬반 논란이 가열되고 있지만 당국은 더 이상 시행을 늦출 수 없다며 이번 학기부터 강행할 방침인 반면, 전교조 등 사회단체는 이 시스템의 폐기를 위해 토론회를 여는 등 실력행사도 불사할 태세여서 혼란은 당분간 지속될 것으로 보인다. 차제에 교육부는 교단의 혼란과 갈등을 가라앉히기 위해 시스템의 안정성을 검증하고 교사 연수 등을 통한 장점을 알리는 작업을 병행했으면 한다.

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