광주지방공사는 지방공기업법 제49조와 광주지방공사설치운영조례에 의해 환경기초시설 위탁관리 및 운영, 생활폐기물처리 위탁운영 사업을 통해 시민의 주거생활 안정과 복지향상 및 지역발전 촉진에 기여함을 목적으로 1999년 12월 8일 설립돼 2000년 1월 1일부터 광주시와 위·수탁 계약을 체결하고 현재까지 운영하고 있으며 설립 당시부터 환경기초시설 위탁사업에 대해서는 부가세 면세 처리하고 있다.
그러나 감사원 감사(2008년 9월 17~10월 15일)에서 그 동안 부가가치세 면세 적용해 운영 중이었던 하수처리장 및 하수관거관리 위탁사업에 대해 부가가치세를 과세해야 한다는 결과를 통지(2009년 3월 18일)하고 이천세무서장은 9년간의 부가가치세와 가산세의 합계인 103억4천678만2천344원 중 5년치(2004~2008년 1, 2기분) 부가가치세 미납세액 61억8천218만3천40원을 납부 고지했는 바, 이는 참으로 이해할 수 없는 부분이며 나는 사실관계를 근거로 반박 주장을 하고자 한다.
먼저, 감사원은 위 사업을 부가가치세법 제12조 제1항 제16호 규정에 의한 면세사업자로 인정해 면세 적용한 것은 잘못이라 지적하고, 지금까지의 미납금액을 과세통보하고 말았다(2009년 5월 2일). 이 법은 ‘종교·자선·학술·구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것’을 면세대상으로 규정하고 있는데, 여기서 ‘법인 관련 요건’을 법리적으로 판단해 보았을 때, 그 이익을 구성원에게 분배하는 것이 전제돼 있는지 여부로 판단하는 것이 관례인데, 광주지방공사는 실제로 배당을 실시한 사례가 있어 비영리 법인으로 인정하기는 어렵다는 게 감사원의 지적이었다. 조특법 제106조 제6항이 ‘대통령령이 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것’은 부가가치세를 면제한다고 했기 때문에 비영리·영리법인을 따질 것 없이 광주지방공사는 공익을 목적으로 하는 단체이므로 면세사업자로서 문제가 되지 않는다고 본다.
다음으로 검토할 것은 용역관련 요건이다. 시행령 규정은 ‘단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 용역’을 면세대상으로 규정하고 있다. 지방공기업법시행령 제63조 제2항, 법 제71조 제1항의 규정에 의거 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행하는 경우 국가 또는 지방자치단체가 부담해야 할 경비인 ‘사업의 집행에 소요되는 시설비, 인건비 및 부대경비, 사업의 집행에 따른 대행수수료, 기타 사업 집행상 필수적으로 소요되는 경비’를 지급받고 있는 광주지방공사의 위탁관리비는 그 실질이 법령에 따라 광주시가 광주지방공사에 지급해야 할 ‘경비’에 속하기 때문에 결국 ‘실비’에 해당되며 면세가 마땅하다. 그리고 설사 감사원 지적을 인정한다 하더라도 광주지방공사가 수령한 위탁관리비 중 부가가치세법시행령 제48조의 대가 관계에 해당하는 ‘순수이윤’에 대해서만 과세표준으로 산정해 부과함이 타당할 것이다.
마지막으로 나는 민법 제2조 신의성실의 원칙을 강력히 주장하며 이에 따라 부가세 징수는 취소해야 된다고 주장한다. 이 원칙은 상대방의 합리적인 기대나 신뢰를 배반할 수 없다는 법원칙으로서, 국세기본법에서도 세법상 신의성실의 원칙에 관한 일반규정을 두고 있다. 신의성실 원칙이 인정되는 경우는 다음과 같다.
그리고 국세기본법은 세법의 해석 또는 국세 행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의해 소급해 과세되지 아니한다고 규정하고 있다.
위와 같은 내용을 살펴보았는 바, 2000년 이천세무서에서 광주지방공사의 환경기초시설 위·수탁 사업을 면세사업자로 사업자등록증을 교부해 주고 10년이 지난 지금에 와서 부가세를 추징한다고 하는 것은 신의성실 원칙에 정면으로 반하는 것이다.
광주지방공사는 설립 이래 10여 년을 광주시와 환경기초시설 위·수탁 계약을 국가가 인정하는 용역기관에 원가산출을 의뢰하고 결과에 따라 위·수탁 계약을 체결해 운영하고 있으며, 환경기초시설이 아닌 기타 사업에 대해서는 부가세를 성실히 납부했고 이와 관련해여 세무관청과의 이의신청이나 다툼이 없이 모범적으로 운영하고 있다. 국세청과 이천세무서는 지금까지는 서로의 이해 부족으로 논란이 있어 왔으나 향후에는 신중하게 재규명해여 바로잡아 주시길 강력하게 주문한다.
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