그러나 교육행정정보시스템의 시행을 주장하는 목소리도 잇달아 제기되고 있다. 학교를 사랑하는 학부모 모임은 기자회견을 갖고 전교조의 연가투쟁에 반대하며 전교조 퇴출운동 찬반투표를 벌이기로 하는 등 전교조에 대한 반대 입장을 분명히 하고 있다. 학사모는 전교조의 연가투쟁에 대한 반대 목소리를 전달하기 위해 전국 1만2천여 일선학교 운영위원장과 학부모회장을 상대로 전교조의 연가투쟁과 전교조 퇴출운동 찬반투표를 실시하고 연가투쟁을 강행할 경우에는 참가교사에 대한 교단퇴출과 학습권 피해에 대한 소송도 제기할 것이라고 한다. 인간교육실현 학부모연대도 전문가들이 문제가 없다고 밝히고 있고 전교조를 제외한 교직단체들도 찬성하는데 교육부가 왜 그렇게 전교조에게 휘둘리는지 모르겠다며 교육부의 소신있는 정책수행을 주문하고 있다. 1만7천여 일선학교 정보담당 교사들도 전국교육정보담당자협의회를 조직하고 인권위의 결정이 잘못된 것이라며 시행해야 한다는 주장이다.
사태가 이 지경에까지 이른 이유를 일각에서는 교육당국의 엉거주춤한 태도가 가장 큰 문제이기는 하나 참여정부가 사회적 약자에 대한 형평성을 강조하고 있기 때문이라고 지적하고 이러한 때일수록 지혜로운 의사표출 방식이 요구된다는 주장이다. 전교조는 교육행정정보시스템 시행을 반대만 할 것이 아니라 교육 수요자인 학부모들의 의견에 귀를 기울여야 한다. 정보유출에 의한 피해는 교사들보다 학부모가 더 클 수도 있기 때문이다. 특히 전교조 교사들의 연가투쟁은 수업결손이 불가피할 것이어서 학생들의 학습권을 빼앗게 된다는 점을 잊어서는 안된다. 교육당국도 정보유출과 관련한 국민의 우려를 불식시킬 대책을 제시하고 시행에 대한 명확한 입장을 표명해야 할 것이다.
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