교육부가 1일 고2 이하에 대해서도 사실상 교육행정정보시스템(NEIS)을 사용할 수 있도록 결정하자 전교조가 연가투쟁 강행 등 정면대응을 선언하고 나서 다시 한번 교육계가 혼란에 휩싸일 것으로 보인다. 교육부는 정보화위원회가 최종 결정을 내릴 때까지 수기를 원칙으로 하되 학교실정에 따라 교육행정정보시스템을 사용할 수 있게 길을 열어 놓았다. 이는 한시적이라고는 하나 전교조에서는 합의파기라며 강력 반발하고 있어 갈등이 더욱 고조될 것으로 예상된다.
 
이번 교육부의 결정에 대해 시·도교육감, 한국교원단체총연합회, 교장단회, 정보화담당교사들은 만족스럽지는 못하나 현실적으로 필요한 선택이라며 교육부 지침을 지지하면서도 일선 학교에 NEIS, 학교종합정보관리시스템(CS), SA, 수기 사용 등 방법에 대한 결정을 선택하게 함으로써 학교를 혼란스럽게 할 우려가 있다고 지적했다. 즉 일선 학교 97%가 NEIS 체제를 유지하고 있는 현실을 고려한 필요한 선택이라고 평가하면서도 선택권을 일선 학교에 위임함으로써 이를 둘러싼 학교현장에서의 새로운 갈등의 소지가 내재되어 있다는 것이다.
 
반면 전교조는 정부 발표는 전교조와의 합의를 전면 파기하는 것일 뿐 아니라 국가인권위원회의 권고마저 완전히 무시하는 것이라며 보수세력의 반발에 백기를 든 것이라고 강하게 반발하고 연가투쟁을 포함한 강도 높은 투쟁을 복원한다며 강한 대응투쟁으로 학교현장에서 NEIS를 가동불능 상태로 만들어 무력화시키겠다고 주장하고 오는 20일 모든 조합원이 참여하는 집단연가투쟁을 벌이기로 했다. 교육관련 단체들이 이런 식으로 계속 자기 주장만 되풀이한다면 교육현장의 골은 더욱 깊어질 것이며 어떤 방법으로도 합의점에 도달하기 어려울 것이다. 이처럼 교육계가 세 과시를 되풀이 할 경우 국민도 납득치 못할 것이며 그 폐해는 학생과 학부모 그리고 교사 자신에게 돌아가는 것은 뻔한 일이다.
 
이번 교육부의 결정을 전환점으로 교육계 모두가 한발씩 양보해 하나가 되는 계기로 삼아야 할 것이며 이 달 중에 구성될 정보화위원회에 학교실무자를 참석시켜 학교현장에서 사용에 문제점이 발생치 않도록 보완조치도 이뤄져야 할 것이다. 아울러 선택권을 일선 학교에 떠넘겨 교장과 교사들 사이에 NEIS, CS, 수기를 놓고 갈등과 혼란이 벌어질 소지가 있는 만큼 이에 대한 대책마련도 서둘러야 할 것이다.

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